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面源污染治理不但是我国的难题，也是世界难题。即便是科技和经济高度发达的国家，也还没有办法破解面源污染治理的难题。为什么面源污染治理难呢？剖析现行面源污染治理难的主要根源，有客观根源也有主观根源，主要有四个方面。下面就这四个主要根源简析如下：
第一根源，无法摆脱农业对投入化肥、农药的依赖
众所周知，当今农业必须依赖投入化肥、农药。化肥、农药的利用率很低，仅有30%左右。剩余70%的化肥、农药流失到江河湖泊和渗漏到地下水中，形成了面源污染。这就充分说明面源污染的根源，是依赖投入化肥、农药的化学农业。在没有创造出摆脱依赖投入化肥、农药的化学农业模式之前，人类为了生存必须继续依赖投入化学肥料、化学农药来食物。因此，破解面源污染必须摆脱化学农业。但至今还没有研究出破解摆脱化肥、农药污染的技术和方法。对于我国而言，除依赖投入化肥、农药的化学农业外，还有遍及全国所用农村的畜禽养殖业。畜禽养殖是我国农民收入的重要来源，是农民的生财之路。如果废除农民的畜禽养殖，带来的是农村的稳定局面。因此，无法废止广大农村的畜禽养殖模式。这就为面源污染的综合治理、生态环境综合治理，带来了巨大困难。在现实意义上分析，面源污染难以治理有其客观根源。
第二根源，缺乏科技创新
以上剖析了面源污染难以治理的第一根源。这个根源似乎是客观根源，是人类生存所无法摆脱的根源。但实际上是缺乏科学创新的原因。那么，缺乏什么科学创新呢？简单剖析可知，主要缺乏“三个创新“。第一个缺乏的创新，是缺乏取代化学肥料的创新技术和产品；第二个缺乏的创新，是缺乏取代农药的创新技术和产品；第三个缺乏的创新，是缺乏畜禽养殖综合治理的价值创新技术和治理模式。对缺乏的“三个创新”简析如下：
1，缺乏取代化学肥料的创新技术和产品
破解面源污染综合治理的难题，必须从根除依赖投入化肥、农药的源头根除。根除的方法必须摆脱农业对投入化肥、农药的依赖。为了摆脱农业对投入化学肥料的依赖，自20世纪初，科学家们就开始研究取代化肥的生物固氮肥料。也就是说生物固氮的研究已经近100年。以澳大利亚、美国、、加拿大、欧盟等大到国家为主，投入了大量的资金和人才，但至今没有研究成功的报道。更没有成功应用与农业生产上的报道。我国在生物固氮的研究上，也是从建国前就开始了。建国后以陈华奎院士为首的一批科学家，在生物固氮的研究上奋斗了70多年，也没有成功的进展。当今，似乎固氮的研究已成为无法攻克的难题。即便是在科学技术和经济高度发达的美国、欧盟、澳大利亚等，在生物固氮的研究上也还没有创新的进展。这就充分表明，化肥依然是农业种植上依赖的主要生产资料，因此，面源污染的治疗成了一个没有目标、没有方向世界大难题。分析这里我们清晰的认识到，破解化学肥料造成的面源污染难题，必须依赖创新出替代化肥的技术和产品。
2，缺乏取代农药的创新技术和产品
面源污染的另一个主体是农药。在现代农业上必须依赖投入各种各样的化学农药，为农作物防治病虫害。离开了农药农作物就无法正常生长。现代农业上有3000多种农药，这些农药农作物吸收的很少，大量的流失和漂浮到水域等大自然环境中，造成面源污染。破解农药面源污染的最佳方法，就是从源头切断农药的使用。为了研究出替代农药的技术和产品，早在20世纪30年代，以前苏联为首的就开展了生物农药的研究。我国也从20世纪70年代，开始研究生物农药。但至今除效用很不稳定芽孢杆菌、白僵菌制做的生物农药外，还没有一个真正取代农药的技术和产品。因此，还没有办法从源头切断农药造成的面源污染。分析这里我们清晰的认识到，破解化学农药造成的面源污染难题，必须依赖创新出替代化学农药的技术和产品。
3，缺乏畜禽养殖综合治理的价值创新技术和模式
对于我国而言，面源污染的另一个领域就是畜禽养殖。怎样破解畜禽养殖造成的面源污染是一大难题。一方面必须对畜禽养殖污染实施治理，一方面又要保护农民的利益。在我国是一对突出的矛盾。实现对面源污染有效治理的唯一途径，就是化解好畜禽养殖污染治理与保护农民收入的矛盾。怎样化解这对矛盾呢？必须找到既能保护农民收益，又能治理好畜禽养殖造成面源污染创新技术和方法。但至今还没有找到这种破解矛盾的技术和方法。因此，畜禽养殖的面源污染治理依然有很大难题。
第三根源 错误的治理模式
认真剖析当今面源污染综合治理上所采取的模式，是一个错误的治理模式。错在哪里呢？最显著的错误就是错在“主体不清”上。什么是主体不清呢？众所周知，造成面源污染的农业种植和畜禽养殖。农业种植和畜禽养殖的主体都是农民。也就是说农民是造成面源污染的主体。怎样才能治理好面源污染呢？也必须依靠农民。也就是说农民是治理面源污染的主体即主力军。通过上述分析可知，有效治理好面源污染，必须激活造成面源污染的主体和治理面源污染主力军的积极性。如果没有激活农民这个主体和主力军，仅靠政府的力量只是消极的办法，很难实现对面源污染的根本治理。分析我们今天面源污染的治理模式，基本上是政府投入，农民观望。各级政府的积极性很高，农民却袖手旁观。不仅如此，在治理过程中稍微侵害农民现有的利益，农民就会狮子大开口要求政府补偿。这就充分表明，我们今天的面源污染治理模式是极端错误的。消除这种错误的方法只有一个，那就是创造出通过面源污染治理，能够给农民带来直接利益的技术和模式。但当今的面源污染治理严重缺乏能给农民带来利益的创新的技术和模式。
第四根源 缺乏污染治理的造血机制
仔细分析一下现行面源污染的治理机制可知，现行面源污染治理是依赖投入大量资金、大量人力资源的机制。也就是说，现行面源污染治理是大的资金战、人力站，是一种只输血不能（在短时间内）造血的机制。因此，每年投入大量资金、人力，但效果并不理想，甚至面源污染越治理越严重。怎样才能营造出面源污染治理的造血机制呢？唯一的出路就是创新，创新出营造面源污染治理造血机制的技术和机制。
综述所示，现行导致面源污染治理多种难题的根源，都是缺乏创新。为什么缺乏创新呢？许多科学技术人员，对污染治理的思维方式非常守旧。只能按照现行的理论、技术和方法去考量，无法突破现行思维方式的禁锢。另外，对洋人技术依赖非常严重。某某博士是从美国、日本等发达国家回来的，并带来了秘密的前沿技术。但多年来的实践足以说明，这些都不是创新技术。都无法破解我国生态环境综合治理的难题。分析至此，大家应该清晰的获知，破解面源污染以及各种污染治理难题的途径只有一条：破除迷信、挑战权威、大胆创新。创新出适用于我国国情特色的技术、方法和模式。
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